工學院是崑山科技大學創校的基礎,目前設有機械、電機、電子、環工、材料、資工、機器人及電遊等八個系及八個研究所,其中包含機械與能源博士班,師資與設備都非常完善。 除了各系該有的發展方向外,本院重點發展方向以智慧自動化及綠色科技為主,包含了:精密機械、機電控制、人工智慧、智慧製造、綠色材料及5G通訊領域應用等相關技術,完全符合目前產業界之主流。
工學院於109年也獲得教育部補助「前瞻基礎建設計畫-人才培育促進就業建設」1,760萬元建置產業菁英訓練基地,而且是全國唯一同時通過3個產業菁英訓練基地,分別是iPAS機器人工程師、iPAS機聯網、iPAS感知系統工程師。經由這些基地訓練而擁證照的學生,將來在相關產業較易取得企業認同並提升加薪的機會。
崑大工學院藉由完善的師資設備、落實的資源整合、良好的學習環境、密切的產學合作、以及完備的輔導機制已經成功地培養出一批批業界所需的實務專業人才,所以遠見雜誌調查2021企業最愛私立科大,該校躍升為全國第6名,中部以南第2名,除此之外,根據104人力銀行調查,該校畢業生平均月薪百分之82.5高於3萬,百分之54高於4萬,為中南部私立科大第一。